6月2日下午，由日本在野三党(自民党，公明党，奋起日本党)发起的对于菅直人内阁不信任案在国会表决，最终以152票赞成、293票反对遭否决。这意味着菅直人避免了被迫下台的窘境，他面向所有议员长久鞠躬以示谢意。

而就在6月1日，整体局面还显现出对菅直人极为不利的局面。前首相鸠山由纪夫以及同民主党连合执政的国民新党首龟井静香，分别劝菅直人提前辞职。而民主党元老小泽一郎手下多位议员跃跃欲试要做出叛党行为投赞成票，逼菅直人下台。

扭转形势的变化出现在国会表决前一小时的民主党众议员会议上，菅直人宣布：“在对于东日本大地震灾后重建应对有一定眉目后，我会宣布辞职，让党内的年轻一代接手。”

随后，菅直人和鸠山由纪夫进行了会谈，并确认了以下几项原则，其中包括：第一，不让民主党分裂；第二，确保政权不重回自民党手中；第三，对东日本大地震灾后重建和灾民救济负起责任，这包括通过重建基本法案，促成2011年度第2次补充预算案尽快完成编制。

得到菅直人的承诺后，鸠山由纪夫及拥护他的议员改变了主意，最终转而投了反对票。而民主党内另一位元老，前民主党干事长小泽一郎也对拥护其的议员表示：“既然菅直人宣布在不久的未来辞职，你们不一定非得投赞成票”。由此，伴随民主党内大部分众议员的转向，菅直人内阁不信任案最终被否决。

菅直人事前曾表示，如果内阁不信任案获得通过，他不排除解散众议院重新大选的可能。一旦如此，民主党将很难在与自民党的竞争中，保住执政党的位置。为了保全民主党的整体利益， 本次不信任案通过的最大决定性因素鸠山由纪夫和小泽一郎，最后时刻以民主党团结为重，避免了这场党内大地震。

而究竟菅直人何时辞职，鸠山由纪夫在事后对媒体表示，通过重建法案和第2次补正预算，应该不到夏天就能完成。即暗示菅直人撑不过夏天。而民主党干事长冈田克也则称，菅直人承诺的对于东日本大地震灾后重建应对有一定眉目后辞职，并非所指这两个条件。

虽然菅直人戏剧性地通过了这次内阁不信任案的考验，但其辞职的承诺，为接下来一场更加激烈的民主党内斗争埋下了伏笔。