两岸企业家峰会2008年发端于江苏省南京市，在国务院台办、有关中央部委的关心指导和江苏省委省政府、南京市委市政府的大力支持下，围绕深化两岸经贸合作和推动企业转型升级主题，分别于2008年、2010年和2011年成功举办三届两岸企业家紫金山峰会，受到了两岸各界的广泛关注。

随着两岸关系和平发展不断巩固深化，两岸经贸关系已经进入了一个新阶段，两岸产业的交流与合作也需要新思维、新做法。有鉴于此，两岸经济界迫切需要成立一个最具权威性、开放性、务实性的高端交流合作平台。自2012年起，峰会与两岸经贸文化论坛、两会商谈、海峡论坛并列为两岸四大交流合作平台，成为以两岸企业家为主体，以汇聚企业家智慧、加强对话交流、深化产业合作为特色的两岸企业界最有影响的交流平台。在2012年峰会上，时任中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林宣布开幕，中国国民党荣誉主席连战出席并致辞。与会政经产学界人士发布共同倡议，建议成立两岸企业家峰会社团，除每年轮流在大陆及台湾举行年会之外，根据两岸企业界的实际需求设立七个产业合作推进小组，开展常态化的交流，以具体务实的方式推动两岸企业的合作，进一步巩固和深化峰会年会成果。

2013年，习近平总书记两次会见萧万长先生，强调要加强两岸经济合作制度化建设，并更加重视促进产业合作，积极评价两岸企业家峰会为两岸企业和经济界人士搭建了交流对话的高端平台，希望双方共同努力把峰会办好，并预祝峰会取得圆满成功。在两岸双方的共同努力下，峰会组织化、机制化、长效化建设和峰会年会筹备工作取得扎实进展。2013年7月，两岸企业家峰会社团分别在北京、台北成立，300多位两岸知名企业家和工商团体负责人加入峰会成为会员，选举产生峰会领导机构。中共中央政治局原委员、国务院原副总理曾培炎和台湾地区前副领导人萧万长分别当选双方峰会理事长，十届全国人大常委会副委员长兼秘书长盛华仁、台湾海基会原董事长江丙坤分别担任双方峰会副理事长，并邀请一批两岸政经产学界知名人士担任峰会顾问和特聘专家。两岸峰会理事会分别下设宏观经济、能源石化装备、金融、信息家电、成长型和中小企业、文化创意、生物科技与健康照护等七个产业合作推进小组，由两岸相关主管部门前负责人和知名企业家担任召集人，开展经常性的交流互访和产业对接活动。峰会大陆方面秘书处在北京市办公，峰会台湾方面秘书处在台北市办公。南京市为峰会年会大陆永久举办地。国务院台湾事务办公室为峰会社团主管部门。

两岸企业家峰会社团自成立以来，秉持“推动两岸企业家之间的交流，推进两岸产业合作，深化两岸经济互利合作，维护两岸关系和平发展，振兴中华民族经济”的宗旨，分别于2013年、2014年和2015年成功举办了三次峰会年会。